По разбираеми причини малко са историческите сведения за възникването и ранната история на Църногорския манастир „Св. св. безсребърници и чудотворци Козма и Дамян Асийски“. Направените археологически разкопки на първоначалното и на сегашното местоположение на обителта свидетелстват за монастирски постройки от подножието на връх Тумба (1129 м.), в местността Китка. Проучванията установяват запазени основи на монашеско крило (правоъгълно) и на защитна кръгла кула. Някой изследователи предполагат, че кулата е изградена върху по-стара, вероятно римска крепост, разположена в близост до кръстопътя от Константинопол за Адриатика и от Егейско море към Дунав. Наличието на крепостно съоръжение не е необичайно за средновековните монашески обители, примери са и Рилският и Хилендарският монастир. Зографският монастир също е имал защитна кула – в нея през 1284 г. римокатолиците изгарят светите 26 преподобномъченици, които отказват да изменят на православната вяра. Недалеч от Църна гора, в полето, наречено Мраката, се е подвизавал великият сред светиите Преп. Йоан Рилски чудотворец. Началото на монашеството в тази планина може би в свързано с огромното влияние , което преподобния е оказал приживе върху околното население, а не бива да се забравя и фактът, че близо два века неговите св. мощи са се намирали на по-малко от 60 км оттук – в богохрамния град Средец. При управлението на благочестивите царе от Асеневата, Тертеровата и Шишмановата династии монастират е бил облагодетелстван с големи привилегии. Притежавал голямо стопанство и множество големи и доходоносни имоти, щедро дарявани от царе и боляри. Нагледен пример за отношението на българските владетели към вярата дори и в най-трудни за страната времена е Мрачката грамота на цар Йоан-Александър от 1348 г.
За разлика от много други обители, които са били разграбени, порутени и са опустели през първите десетилетия на османското владичество, Църногорският монастир не е пострадал при османското нахлуване и в новите исторически условия се е наложил не само като духовно и просветено огнище, но и като средоточие на обществения живот на българите от съседните околии Софийска, Радомирска и Брезнишка. Монастира, както и останалите обители в Софийската епархия, се управлявал от български първенци – епитропи. Богослужението тук винаги е извършвано на български език. Смирените и никому неизвестни монаси преписвали жития и съчинения на стари български писатели от Преслав, Охрид и Търново и така осъществявали онази приемственост с някогашното минало, която се оказала решаваща за запазване на народностното самосъзнание на българите. Съществува мнение, че именно в този край в началото на XV в., непосредствено след османската инвазия, е преписвано „Чудото на св. Георги с българина“ – агиографски разказ от времето на Симеоновите войни. Голяма е била вярата на нашите предци и заради тяхното благочестие и смирено понасяне на скърбите Бог им давал сили не само да оцеляват сред несгодите на игото, но и да живеят в духовна радост, да се чустват исконни собственици на своята земя, а османската власт да приемат като нещо, което ще премине. За хората от десетки околни селища Църногорският монастир е бил разсадник на жизненоутвърждаващата православна вяра. Наред с духовното обгрижване на православните християни, монасите още в XVI в. полагали усилия и за ограмотяването им в съществуващото към обителта килийно училище. Неотразимо влияние върху поклонниците оказали богослужението на роден език, книжнината, помениците, родословите, житията, стенописите и ангелското църковно пение. Ежегодно край монастирските стени на храмовия празник е ставало многолюдно пазарище. Значението на света обител в Софийската епархия било тъй голямо, че тогава тук е идвал да служи самият митрополит. С влиянието на Църногорския и другите околни монастири се обяснява и твърдото българско самосъзнание на местното население, което решително отхвърлило опитите за сърбизация, провеждани в третата четвърт на XIX в.
Монастирът си навлякъл неприязънта на османлиите. Те си давали сметка, че тъмо в обителта населението се събира и общува, чувства се верски и народностно единно. Монастирът е бил разбит и опожарен, вероятно около 1737-1739 г.
