Предполага се, че Искрецкият манастир е основан още през XIII в. Най-ранният период от съществуването му е забулен в неизвестност, като единствените сведения за това време изхождат от местни предания. През XIV в. е разрушен от османлиите, след което за дълго остава в запустение. Възобновен е в XVII в. – през 1602 г е преизградена църквата, вероятно като селищен храм. През 1834 г. старият манастирски храм е обновен за пореден път и около него се сформира монашеска обител, но след няколко десетилетия отново запустява.
При изграждането на Санаториума за белодробни заболявания „Цар Фердинанд І” в началото на XX в. Българската православна църква дарява на здравното заведение манастирския двор и всички други манастирски земи – над 400 декара имот от обработвани ниви, ливади, градини и гори. Първата сграда на санаториума е издигната между самия ограден зид на манастира. Така се постига образуването на своебразен лечебен комплекс с „две болници“ – едната (манастирът) за душата, а другата за тялото.
В годините на социалистическото атеистично управление манастирът не функционира, при което бива съвсем занемарен. В жилищните му сгради са настанени служители на санаториума, а в последствие са разрушени. В резултат, малкото останало до наши дни от някогашната цветуща обител се намира в изключително окаяно състояние.
